Dopo aver esordito nel karting Michael  arriva alla F-3 nel 1989.

Arriva terzo, a un punto dal campione, si guadagna la fiducia della Mercedes e viene scelto per la Sauber-Mercedes Junior-Team, con cui disputa le stagioni 1990 e 1991. Partecipa anche ad alcune corse di F-3 come i Gran Premi di Fuji e Macao, in cui vince e la gara di F-3000 a Sugo, dove arriva secondo. 

Michael esordisce nella F-1 con la Jordan J191 nel 1991 nel Gran Premio del Belgio e non passa certo inosservato: diventa uno dei piloti giovani più ambiti e Briatore lo porta alla Benetton.

Nel 1993 lotta contro le Williams-Renault e finisce il campionato al terzo posto. Michael comincia la stagione 1994 vincendo le prime tre gare (nella terza vede Senna vittima di un incidente mortale). La stagione che si preannuncia trionfale si complica a causa di alcune sanzioni imposte dalla Fia per manovre scorrette in gara ma Michael è comunque campione del mondo. Il 1994 è un'altro anno di grandi successi per Michael che fa vincere alla sua squadra sia il titolo piloti, sia quello costruttori. La Ferrari lo ingaggia nel 1996 e Michael porta alla scuderia di Maranello tre vittorie.

Nel 1998 il rivale da battere è la McLaren-Mercedes, squadra che vince la sfida; nel 1999 Michael è costretto a rimandare ancora la realizzazione del suo sogno a causa di un incidente nel Gran Premio d'Inghilterra, che lo lascia con una gamba rotta. Nel 2000 ottiene il suo terzo titolo mondiale e porta a Maranello un  trofeo che la Ferrari attendeva da 10 anni; nel 2001 la sua supremazia è indiscutibile e si aggiudica il titolo a quattro gare dalla fine.